内蒙古大学蒙古历史学系源自于1957年建校时的历史系，在2010年由学校直属处级科研单位蒙古史研究所和内蒙古近现代史研究所合并而成，是专注于我国蒙古及北方民族历史和文物考古领域的教学研究机构。蒙古历史学系学术积淀深厚，传承悠久，是内蒙古大学最早获批硕士学位点（1981年）、博士学位点（1990年）的学科之一，发展过程中汇集了一大批蒙元史、北方民族史、内蒙古近现代史学界的泰斗和著名学者，包括胡钟达、韩儒林、林沉、周清澍、郝维民、薄音湖、李逸友、贾洲杰、白拉都格其、齐木德道尔吉、乌云毕力格、宝音德力根、张久和等，出版了《元朝秘史（畏吾体蒙古文）》、《元史》（中华书局点校本）、《蒙古史研究参考资料》、《内蒙古革命史》、《内蒙古通史》等系列学术权威著作，在国内外具有广泛的学术影响力。

蒙古历史学系现设有历史学和文物与博物馆学2个本科专业，具有完整的本、硕、博培养体系和博士后科研流动站。本系现有教授10人，副教授11人，讲师10人，均具有博士学位，多数教师具有海外知名高校留学经历，在蒙古及北方民族历史和文物考古领域拥有丰富的教学科研积淀和国际化的学术视野。本系下设蒙古史研究所、内蒙古近现代史研究所、蒙古史档案文献中心、遥感考古与数字遗产实验室、生态考古实验室（与生命科学学院共建）、内蒙古大学居延遗址科技考古研究基地、数字考古本科教学实验室、居延遗址学生实习实训基地等教学科研单位，具有丰富的特色文献资源和先进的交叉学科实验平台，先后与北京大学、南京大学、中央民族大学、中国人民大学、宁夏大学、内蒙古博物院、内蒙古文物考古研究院、呼和浩特博物院宁夏文物考古研究所、蒙古国国立大学、蒙古国科学院考古研究所、日本中部大学等国内外院校建立有合作关系。

2019年7月16日，习近平总书记考察我校，对内蒙古大学作出重要指示，这也为我系的学科发展与人才培养指明了根本方向。我系将牢记总书记的嘱托，坚持开放办学，在竞争中不断提升学科实力，努力建设特色鲜明的历史与考古学科，培养更多高水平人才，为推动中国式现代化进程、助力内蒙古高质量发展贡献力量。